台灣近年積極推動C肝治療，希望在2025年達到根除C肝的目標。然而目前困境是，願意治療的病人幾乎都已治癒，剩下尚未就診的病人可能因社經地位、交通問題、地理因素、家庭關係薄弱等而未就醫，是現階段要努力的目標。

此外，有些族群反覆感染C肝也是隱憂。例如有些愛滋病毒感染者因為不安全的性行為、共用針具等，也容易反覆得到C型肝炎。根據2022年8月發表於《公共論壇傳染疾病》（Open Forum Infectious Diseases）期刊最新研究，台灣一般C肝病人治癒後，再感染率為千分之一，但HIV合併C型肝炎的病人，再感染率為5%，相差高達50倍，需特別重視。

C肝病毒的治癒率相當高，健保也有給付，呼籲民眾還是要及早就醫治療，避免增加肝硬化、肝癌及肝外病變等風險。