根據美國研究報告，不論男女，人的一生感染人類乳突病毒（HPV）的機率高達80%。對此，台北醫學大學附設醫院泌尿科醫師表示，菜花可能透過3種途徑感染，包括性行為、共用情趣用品的間接傳染，以及嬰兒與母親之間的垂直傳染。

性行為是菜花最主要的傳染方式，但不是戴套就安全，保險套只能防護男性的陰莖，而菜花除了生殖器之外，還可能存在陰囊、口腔、肛門等部位，只要碰觸到，不論是手、口或生殖器，都有傳染的風險。

就算沒有性行為，也有可能間接感染菜花，普遍的間接傳染屬共用情趣用品最常見，而共用餐具、毛巾浴巾與貼身衣物、使用公廁馬桶等，雖然是較少發生的案例，但同樣是潛在的感染途徑。

最後一個感染途徑是嬰兒與母親之間的垂直傳染，若孕婦本身帶有菜花病毒且不知，便可能會藉由羊水、分娩生產時傳染給新生兒，而分娩時的傳染，最常將病灶落在新生兒呼吸道，產生「新生兒喉頭菜花」的問題，不僅難以治療，嚴重還可能致命。